学生の就職に関しては、本学の就職支援課と協力して情報提供・支援を行っています。就職ガイダンスに加えて、インターンシップガイダンス、就職準備講座、内定者による座談会、エントリーシート対策講座、企業・業界研究、講演会、面接対策、学内企業説明会、公務員説明会、先輩キャリア交流会など、多くの就職支援が行われています。企業説明会や面接もオンラインで行われることが増えていますが、対面でのコミュニケーション能力やプレゼンテーションスキルも依然として重要視されています。
2023年度の理学部の就職率は95.2%でした。進路先としては、大学院進学者が最も多く、55.0%が大学院に進学しました。就職先は、製造業、情報・通信業、金融・保険業、専門・技術サービス業、医療・福祉、教員・教育、公務員、その他と多岐に渡ります。より詳しいデータは理学部ホームページの「進路情報(www.kumamoto-u.ac.jp/course/)」にてご確認いただけます。なお、大学院に進学した学生は、より高い専門性を身につけているため、進路の選択肢も広がっています。