沿革
| 1949年(昭和24)5月 | 理学部(数学科，物理学科，化学科，地学科，生物学科)が第五高等学校理科及び熊本工業専門学校の一部を母体として創設 |
|---|---|
| 1954年(昭和29)3月 | 理学部化学教室(木造平屋建)が竣工 |
| 同年4月 | 附属臨海実験所が設置 |
| 1955年(昭和30)4月 | 臨海実験所採集船「まえしま」が新造 |
| 同年7月 | 理学専攻科が設置 |
| 1960年(昭和35)3月 | 理学部実験研究棟(1号館鉄筋3階建)が竣工 |
| 1966年(昭和41)4月 | 大学院理学研究科修士課程が設置 |
| 同上 | 生物学科が拡充改組 |
| 同年10月 | 天皇，皇后両陛下が臨海実験所に行幸啓 |
| 1968年(昭和43)2月 | 臨海実験所採集船「どるふぃん」が新造 |
| 1968年(昭和43)12月 | 理学部実験研究棟(2号館鉄筋3, 4階建)が竣工 |
| 1969年(昭和44)5月 | 地学科が講座増設 |
| 同上 | 生物学科が拡充改組 |
| 1972年(昭和47)2月 | 臨海実験所実験研究棟(鉄筋3階建)が竣工 |
| 1976年(昭和51)4月 | 地学科が講座増設 |
| 1977年(昭和52)3月 | 理学部実験研究棟(3号館鉄筋4階建)が竣工 |
| 1980年(昭和55)4月 | 数学科が講座増設 |
| 1984年(昭和59)3月 | 学内共同利用極低温装置室が開設 |
| 1988年(昭和63)4月 | 大学院自然科学研究科博士課程が設置 |
| 1989年(平成1)3月 | 附属臨海実験所採集船「ドルフィンII世」が新造 |
| 1990年(平成2)4月 | 生物学科が生物科学科に改組 |
| 1991年(平成3)4月 | 生物科学科が講座増設 |
| 1993年(平成5)4月 | 地学科が地球科学科に改組，講座増設 |
| 同年9月 | 理学部実験研究棟(4号館鉄筋4階建)が竣工 |
| 1996年(平成8)6月 | 臨海実験所研究実習棟(鉄筋2階建)が竣工 |
| 1997年(平成9)4月 | 環境理学科が新設 |
| 同上 | 数学科が数理科学科に，物理学科が物理科学科に，化学科が物質化学科に改称 |
| 1999年(平成11)4月 | 極低温装置室などが衝撃・極限環境研究センターに改組 |
| 2000年(平成12)5月 | 自然科学研究科・理学部総合研究実験棟(9階建)が竣工 |
| 2001年(平成13)4月 | 臨海実験所が沿岸域環境科学教育研究センターに改組 |
| 2004年(平成16)4月 | 6学科が理学科に統合改組 |
| 2006年(平成18)4月 | 大学院重点化に伴い教員が自然科学研究科に配置換 |